Vyrába gajdy. Jeho zaujatie týmto tradičným hudobným nástrojom pochádza zo študentských rokov, keď sa s ním stretol na brigáde v Škótsku. Po návrate na Slovensko pátral po histórii a technológii výroby gájd, až sa mu po mnohých experimentoch podarilo vyrobiť ich. V ich výrobe i v hraní na ne – či už ako sólista, alebo ako člen viacerých hudobných zoskupení – pokračuje doposiaľ. Vo svete existuje okolo 600 druhov gájd, na Slovensku, kde ich história siaha až do 9. storočia, sa zachovalo asi 5 druhov. Slovenské gajdy majú jednu melodickú a jednu sprievodnú, tzv. burdónovú píšťalu. Tóny v oboch vznikajú prietokom vzduchu vytláčaného z mechu – vzduchového zásobníka – cez piskory s jednoduchými náraznými plátkami klarinetového typu. Juraj Dufek vyrába gajdy slovenskej proveniencie i cudzokrajné, a to historické gajdy – šalmajové, mulitánky, šutky, ale aj šalmaje, gajdice, drcek, špeciálne gajdy.